系统发生学
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鸭嘴龙超科（Hadrosauroidea）的分类树。每个族的代表属按比例绘制。左排是鸭嘴龙亚科，由上而下依序为：山东龙、短冠龙、栉龙、沼泽龙、原巴克龙；右排是赖氏龙亚科，由上而下依序为：卡戎龙、亚冠龙、阿穆尔龙。
在1869年，爱德华·德林克·科普（Edward Drinker Cope）建立了鸭嘴龙科。自从被命名以来，鸭嘴龙科主要被区分为具有冠饰的赖氏龙亚科，以及缺乏冠饰的鸭嘴龙亚科。亲缘分支分类法研究有助于分析鸭嘴龙科的彼此关系，导致数个族的产生，以用来提及每个类群。网路上常提及的鸭嘴龙科各族，到目前为止还没正式地定义，或用在科学文献上。在《The Dinosauria》第一版的非正式名称里，几个族曾被简略地提过，但没有名称。在这本90年代的参考资料里，格里芬龙类包括盐海龙、格里芬龙、鸭嘴龙、克里托龙；短冠龙类包括短冠龙、慈母龙；栉龙类包括冠长鼻龙、原栉龙、栉龙；埃德蒙顿龙类包括大鸭龙、埃德蒙顿龙、以及山东龙[5]。
赖氏龙亚科也被非正式地分成副栉龙族（副栉龙）以及冠龙族（冠龙、亚冠龙、赖氏龙）。[6]在Evans与Reisz两人于2007年的大冠赖氏龙重新叙述中，曾正式地提及副栉龙族与冠龙族。冠龙族被定义为：亲缘关系接近于冠龙，而离沃克氏副栉龙较远的所有物种；而副栉龙族的定义为：亲缘关系接近于沃克氏副栉龙，而离冠龙较远的所有物种。在这份研究中，副栉龙族包含卡戎龙与副栉龙，冠龙族则包含：冠龙、亚冠龙、赖氏龙、日本龙、扇冠大天鹅龙等物种[7]。青岛龙与似凹齿龙则另成一个支系，可能还有匙龙[8]。
以下系统发生学列表，列出了目前被归类于鸭嘴龙科与其两亚科的大部分物种。鸭嘴龙科是有效的科，但却不在2004年杰克·霍纳的书籍《The Dinosauria》中的演化树中出现[9]。在2007年对于大冠赖氏龙的重新叙述中[7]，鸭嘴龙科的物种达到最多。
鸭嘴龙科演化树
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在1997年，凯萨琳·福斯特（Catherine Forster）在一个概述中首次将鸭嘴龙科定义为一个演化支，只包含鸭嘴龙亚科与赖氏龙亚科，以及它们的最近共同祖先。在1998年，保罗·塞里诺（Paul Sereno）将鸭嘴龙科演化支定义为：包含栉龙（属于鸭嘴龙亚科）与副栉龙（属于赖氏龙亚科）在内的最小演化支，并在后来的版本中加入鸭嘴龙；鸭嘴龙是本科的模式属，国际动物命名法委员会一定会将它列入本科，但该属状况为疑名。在某些研究，塞里诺的定义会将少数著名鸭嘴龙类排除于本科外，例如沼泽龙与巴克龙，霍纳等人在2004年将沼泽龙列入鸭嘴龙科中。
以下演化树是根据杰克·霍纳、大卫·威显穆沛（David B. Weishampel）、凯萨琳·福斯特等人所者的《The Dinosauria》一书第二版[9]：
鸭嘴龙科
沼泽龙
真鸭嘴龙类
鸭嘴龙亚科
冠长鼻龙
unnamed
unnamed
原栉龙
unnamed
格里芬龙
unnamed
埃德蒙顿龙
unnamed
短冠龙
慈母龙
unnamed
南方小贵族龙
纳秀毕吐龙
栉龙
赖氏龙亚科
青岛龙
unnamed
副栉龙
unnamed
赖氏龙
冠龙
亚冠龙
鸭嘴龙亚科演化树
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由于鸭嘴龙科的演化关系较少被研究，因此常出现不同版本的演化关系研究。在2007年，Terry A. Gates与Scott D. Sampson在命名纪念区格里芬龙（G. monumentensis）时，提出另一版本的鸭嘴龙亚科演化树[10]：
unnamed
沼泽龙
unnamed
冠龙 (赖氏龙亚科)
unnamed
冠长鼻龙
unnamed
unnamed
埃德蒙顿龙
unnamed
原栉龙
栉龙
unnamed
纳秀毕吐龙
unnamed
格里芬龙
unnamed
短冠龙
慈母龙
赖氏龙亚科演化树
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以下演化树是根据Evans与Reisz在2007年对于大冠赖氏龙的重新叙述[7]：
鸭嘴龙科
鸭嘴龙亚科
赖氏龙亚科
盐海龙
unnamed
青岛龙
unnamed
牙克煞龙
unnamed
阿穆尔龙
unnamed
unnamed
卡戎龙
unnamed
短冠副栉龙
unnamed
小号手副栉龙
沃克氏副栉龙
unnamed
日本龙
unnamed
unnamed
赖氏赖氏龙
大冠赖氏龙
unnamed
冠龙
扇冠大天鹅龙
unnamed
高棘亚冠龙
斯氏亚冠龙